广东省智慧学习工程技术研究中心将采用创新的管理办法和模式，保证本中心项目研究的顺利开展。本中心实行主任负责制，中心主任由本领域国内著名学者担任，总负责对中心的建设及运行。
设立技术委员会，主要由教育技术、计算机、电子信息和教育等领域的技术界、工程界和相关企业专家组成，是中心资金运用、建设与运行管理、中心主任任免的最高决策机构，对工程技术研究和开发活动进行指导，审议和确定发展战略、研究方向、研究开发计划、重大学术活动、开放研究课题，评价工程设计和试验方案。
技术委员会下设学术委员会、产业化推进委员会、对外合作委员会、综合办公室等机构，全面负责广东省教育信息化工程技术研究中心教育信息化相关研究、科技成果和工程实施。
学术委员会由学科带头人独立组建而成，主要负责研究决定广东省智慧学习工程技术研究中心的研究方向和重点，策划并组织学术理论研究，开展国内外学术研讨和交流活动，编制年度学术活动计划和经费预算，承担国家和地方有关部门、企业、高等院校和科研机构委托的工程技术研究、试验项目和科技服务项目，审定研究课题，监督经费使用，协调开放事宜及成果评价。
产业化推进委员会负责智慧学习标准体系和绩效评价体系的起草及制订，进行具体研究内容的产业需求调查，并推广创新科技成果，推动智慧学习领域的科技进步和新兴产业的发展。
对外合作委员会负责发展与国内外其它部门、单位和企业的合作，特别是拓展广东省智慧学习工程技术研究中心与国际知名大学和研究机构的联系，共同承担大型课题、科研项目和工程项目。
综合服务办公室设置专职负责人和管理人员，负责积极开展各类学术交流与交流活动，吸引国内外顶尖人才加入本中心工作，加大开放力度，鼓励国内外企业、政府、个人以不同形式向广东省智慧学习工程技术研究中心进行捐赠。同时负责中心日常运转的各项行政事务。